Bu sisteminin en büyük dezavantajı ise, oldukça karışık bir kontrol sistemine gereksinim duymasıdır. Mobil uygulamalardaki dizel motorları çok değişken şartlarda çalışmaktadır. Kontrol sistemi, değişen çalışma şartlarına uymak için sürekli olarak enjekte edilen indirgen madde miktarını ayarlamalıdır. SCR katalizörünün aktivitesi, uygun ön oksidasyon katalizörünün yerleştirilmesiyle büyük ölçüde artırılabilir.
Kaynak: Alaattin Osman Emiroğlu ve Osman Eldoğan’ın “Fakir Yanmalı Benzin Motoru Ve Dizel Motorlarında Oksijen Fazlalığında Azotoksitlerin Hidrokarbonla Seçici Katalitik İndirgenmesi (HC-SCR)” (10. Uluslararası Yanma Sempozyumu, Sakarya, 9-10 Ekim 2008) konulu makalesinden derlenmiştir.