Hidrojenin, motorlarda tek yakıt olarak kullanımında bazı problemler ortaya çıkmaktadır. Bu problemlerin başında, sıkıştırma oranına ve sıcak noktalara bağlı olarak erken ateşleme (preignition) ve geri tutuşma (back flash) gelmektedir. Yanma odasına gönderilen yakıt-hava karışımının silindirlere girmeden önce tutuşması sonucunda motorun emme manifoldu içerisinde alevin geriye doğru ilerlemesi geri yanma olarak tanımlanmaktadır. Bu olay emme sistemi elemanlarını tahrip etmektedir. Yanma odası içerisine gönderilen karışımın sıcak odaklar tarafından tutuşturulması sonucu yanmanın istenilenden önce başlaması da erken ateşleme olarak tariflenmektedir. Bu problem, motorda güç ve verim düşüklüğüne sebep olmaktadır. Ayrıca vuruntu ve mevcut depolama yöntemlerinin ağırlıklarının fazla, depolanan hidrojen miktarının düşük olması, mevcut içten yanmalı motorlar üzerinde yapılması gereken düzenlemeler ve ilavelerin maliyetinin yüksek olması da diğer problemler olarak ortaya çıkmaktadır.
Kaynak: İhsan Batmaz’ın Gazi Üniv. Müh. Mim. Fak. Dergisinde (Cilt 22, No 1, 137-147, 2007) yayımlanan “Buji Ateşlemeli Motorlarda Yakıta Hidrojen İlavesinin Motor Performansına ve Egzoz Emisyonlarına Etkisinin Deneysel Analizi” isimli makalesinden derlenmiştir.